L’agglomération de Thonon est majoritairement sur le bassin versant des Dranses et de l’est lémanique situé à l’extrême nord des Alpes françaises.
Le SM3A est compétent sur le cours d’eau frontalier du Chambet à Veigy Foncenex et pour la zone humide des Moises à Draillant sur sa partie située en ligne de crête et concernée par le bassin versant de l’Arve.